Entre el año 600 y 800 d. C. existió un importante asentamiento prehispánico durante el periodo clásico tardío: Pomoná o como se lee su nombre jeroglífico, Pakbul, situado al oriente de Tabasco, a 250 kilómetros de Villahermosa y 40 de Tenosique.
La importancia de la zona radica en la riqueza de sus inscripciones jeroglíficas que brindan no sólo la cronología de su desarrollo, sino además, información acerca de sus gobernantes y las relaciones con otras ciudades y estados de la misma época.
El lugar donde se localiza el sitio arqueológico se conocía como Buenavista en las antiguas cartografías del estado, como lo son el plano general trazado por Adolfo Momia G. en 1890 y en el de 1891 de Alberto Correa, en el que se especifica que Buenavista fue una hacienda que abarcaba parte de la comunidad que hoy se conoce como Arena de Hidalgo. El nombre de Buenavista permaneció aproximadamente hasta 1930.
Fue a mediados de febrero de 1898 cuando el explorador italo-ruso alemán Teobert Maler (1842-1917) inició sus recorridos por la cuenca del Río Usumacinta, cuyo resultado fue la publicación de su obra intitulada Researches in the Central Portian of the Usumacintala Valley, en el año de 1901, en donde se menciona como su punto de partida la población de Tenosique, desde donde cruzó el Usumacinta y acampó en el caserío de Pomoná, para emprender el viaje hacia Chinikihá, Xupá y Palenque.
Posiblemente habría registrado el sitio arqueológico de Pomoná en su mapa general, aunque no lo refiere en el texto, tal vez por no encontrar edificios en pie ni ningún monumento escultórico.
Por su parte, Karl Sapper publicó en 1897 un mapa de! Área Maya en el que ubicó a Pomoná, sin más información que Maler. Igual ocurrió con Oliver Ricketson y Franz Blom en 1925, en su índice de zonas arqueológicas del Área Maya.
La zona arqueológica fue redescubierta accidentalmente en 1959 por un grupo de campesinos durante una inspección de sus tierras para uso agrícola. En la década de 1960 se insertó en la bibliografía arqueológica de Tabasco como uno de los asentamientos importantes de la cultura maya del periodo clásico. Su importancia, complejidad y extensión son señaladas en los trabajos de Heinrich Berlin (1915-1988) historiador, antropólogo y arqueólogo alemán, en 1960 y el de César Lizardi Ramos (1895-1971) investigador y arqueólogo mexicano, en 1963.
Heinrich Berlín destacó la importancia del sitio por su arquitectura y sobre todo por sus monumentos escultóricos con inscripciones jeroglíficas.
En 1982 se llevó a cabo la delimitación de la región. Los trabajos de exploración y consolidación tuvieron lugar entre 1986 y 1988 con el apoyo del gobierno del estado de Tabasco, el municipio de Tenosique y el Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH). Fue así como se exploró el Conjunto I de Pomoná y fue abierto al público el museo de sitio, en el cual se exhiben las piezas que se encontraban en Tenosique desde 1963, además de la importante colección privada reunida por José María Silva, integrada por valiosos objetos procedentes de la región circunvecina a este municipio.
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